Известно, что саркомы представляют собой морфологически неоднородный класс опухолей, и у некоторых образований отсутствуют определяющие гистопатологические признаки. Таким образом, диагностика сарком связана с высокой вариабельностью и отражается в значительных расхождениях между первичными учреждениями и специализированными центрами, имеющими доступ к всестороннему молекулярному тестированию. Высокая вариабельность между наблюдателями среди патологов отражается в значительных расхождениях между первичными учреждениями и специализированными центрами, имеющими доступ к всестороннему молекулярному тестированию. Однако примерно половина сарком не имеет однозначных молекулярных признаков. Даже в некоторых случаях, определяемых конкретными слияниями генов, может оказаться невозможным адекватно идентифицировать слияние методами FISH или РНК из-за множества технических ограничений и ограничений, связанных с образцом. Чтобы заполнить эти диагностические пробелы, необходимы новые подходы, которые и были предложены авторами статьи. В этой работе более 80 ученых из разных стран стремились разработать инструмент классификации на основе метилирования ДНК для сарком мягких тканей и костей, представляющих широкий спектр подтипов и возрастных групп.
Эффективность классификатора сарком была проверена на 428 случаях, в основном представляющих рецидивирующие и невосприимчивые к лечению опухоли костей и мягких тканей. Предсказанный классификатором саркомы класс метилирования сравнивали с установленными диагнозами. Соответствующий класс или семейство метилирования совпало с установленным диагнозом в 263/428 случаях (61%). Первоначальный диагноз был изменен в пользу предполагаемого класса метилирования в 29 из 59 случаев. В 26 из 59 случаев несоответствие между гистологическим диагнозом и предсказанием классификатора не могло быть устранено из-за отсутствия специфических мутаций.
Важно отметить, что анализы можно проводить на ДНК, выделенной из залитых в парафин и фиксированных формалином тканей, что позволяет интегрировать их в рутинные условия. Это представляет собой явное преимущество перед профилированием экспрессии РНК, зависящим от свежей опухолевой ткани. Несмотря на высокую концептуальную привлекательность, текущая версия классификатора сарком не может отнести примерно 25% случаев в проверочной когорте к классу метилирования ДНК. Это можно объяснить: в первую очередь, на данном этапе классификатор сарком не обучен охватывать весь спектр подтипов сарком.
С целью внедрения, и дальнейшего изучения нового метода авторами создана веб-страница научного сообщества, на которой перечислены характерные особенности классов метилирования опухолей. Эта онлайн-платформа также предоставляет бесплатную службу загрузки для локально сгенерированных данных о метилировании, которые мгновенно анализируются, а результаты возвращаются в виде отчета молекулярного классификатора с оценкой достоверности прогноза. Хотя текущая версия классификатора сарком уже включает некоторые редкие подтипы опухолей, авторы признают, что не охватывают весь спектр. Анализ дополнительных образцов сарком, позволит еще больше улучшить этот инструмент, уточняя существующие и добавляя новые классы метилирования.
Оригинал статьи: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7819999/